Мускатний горіх має гострий смак і пряним ароматом, що стимулює травлення, благотворно впливає на імунну систему.

Тонкий пряний аромат солодкуватий смак тертого мускату підходить до багатьох страв. З мускатом коптять, маринують рибу; його додають у піцу, м'ясо, солодощі та напої. Для краще аромату краще мускатний горіх цілий натирати перед вживанням.

Мускатний горіх не можна вживати, якщо є індивідуальна непереносимість та психічні розлади. Вагітним жінкам ця спеція протипоказана, оскільки здатна спровокувати викидень. Не варто їсти мускатний горіх і в період грудного вигодовування. Дітям віком до трьох років мускатний горіх також протипоказаний.

Вживання занадто великої кількості мускатного горіха зазвичай супроводжується перезбудженням, страхом і відчуттям загибелі, що наближається. Виникають викликають жах психотичні епізоди, марення та галюцинації. Відомі випадки, коли тривале вживання мускатного горіха призводило до хронічного психозу.

Його застосовують для ароматизації овочів – додають у салати та пюре з картоплі, брюкви, ріпи, овочеві супи, майже у всі грибні страви, в соуси для всіх видів свійської птиці, в макарони, у ніжні види м'яса та рибні страви (відварена та тушкована риби) , заливне, рибні супи).

У мускатного горіха та мускатного кольору сильний витончений аромат і пряно-пекучий смак, але різних відтінків. Тому ці прянощі не аналогічні одна одній і знаходять різне застосування.